במשחק הראשון בסדרה, כל שהייתם צריכים לעשות עם סוכריות הברטי בוטס בכל הטעמים זה לאספם ולהביאם לפרד וג'ורג' על מנת לקבל מהם קלף של קוסמים, מספק? בהחלט לא! במשחק השני יש לסוכריות תפקידים רבים. לדוגמה, ככל שתאספו יותר מהם כך תוכלו להחליפם עם תלמידים אחרים בהוגוורטס, דבר המוביל אותנו אל הנקודה הבאה. ההחלפות, מהרגע הראשון שתתקדמו במשחק תשמעו מדי פעם מתלמיד זה או אחר את השאלה Harry, Want to trade?("הארי, רוצה להחליף?"), ברגע שתתקדמו אל אותו שואל תראו שהוא מחזיק בידו סוכרית ברטי בוטס. לחיצה מהירה עליו תפתח לכם שיחה מהירה מאוד שבה יציע לכם אותו תלמיד להחליף איתכם מספר של סוכריות ברטי בוטס תמורת איזהשהו חפץ, לרוב תראו אותם מציעים קלפי משחק, חפצים חיוניים לשיקויים ושאר ירקות. עם כל הכבוד ל- Electronic Artsכל ההחלפות נראות פשוט כמו סחר בדברים לא חוקיים, אולי אף אפשר לומר בסמים. אתם בטח שואלים "למה?!?!?!", התשובה היא ברורה מאוד, כל עניין ההחלפות נעשה במקומות שלעולם לא תראו בהם איזהשהו מורה משגיח, הם הרבה פעמים נעשים במקומות שכוחי-אל, בפינות הכי מוזרות של המדשאות ועוד....בהחלט לא נראה טוב על אף שזה בהחלט שינוי מרענן ביחס למשחק הראשון.

במשחק תגלו די בהתחלתו את "מועדון הקרב", זהו מועדון שנועד לאמן את תלמידי הוגוורטס בלחימה של קוסמים, אימון זה נועד על מנת להכשיר את התלמידים להילחם בקוסמים אחרים ולמקרה שהם ימצאו את מה שגורם להרג בהוגוורטס להילחם בו.
אתם תתחילו את "מועדון הקרב" בקרב קצר נגד אוייבכם הידוע דארקו מאלפוי ואתם אמורים לנצחו די בקלות. לאחר מכן תוכלו לצאת מהמועדון ומחוצה לפגוש תלמידים אחרים ולקבוע נגדם קרבות, ככל שתתקדמו במעלה הניצחונות בטבלה כך תקבלו קוסמים יותר חזקים. לפני כל קרב תצטרכו לשים כפיקדון מספר של סוכריות ברטי בוטס(זה יתחיל מ- 10 ויגיע לבסוף עד 200) ובמידה ותנצחו בקרב תקבלו את הפיקדון ואת הסוכריות של יריבכם. במידה של הפסד אתם תאבדו את הסוכריות ששמתם.

כל מהלך השיעורים במשחק השני משתנה לגמרי. נתחיל מכך שכדי להגיע אל השיעורים אתם לא תעברו יותר בסתם מסדרונות משעממים אלא תצטרכו בחלק גדול מהמקרים להגיע באותה הדרך שמגיעים בספרים אל השיעורים....על המדרגות הנעות. מדרגות אלו ינועו וישנו את מיקומם ברגע שתדרכו עליהם והם יובילו אתכם לגרם מדרגות אחר עד שתגיעו ליעדתכם. מומלץ מאוד לעמוד באמצע המדרגות ולא בקצה כי כבר קרה פעם או פעמיים שהחלקתי ונפלתי נפילה כואבת מאוד מגובה של 4-5 קומות(לא לנסות את זה בבית, ילדים).
לימוד הקסם עבר אף-הוא שיפוץ נרחב ואתם לא תצטרכו יותר לנסות לסמן את סימן הקסם בעזרת העכבר המסורבל, מהיום אתם תראו את הצורה ועליה יהיו מספר של חצים שמסודרים בסדר מסויים וקבוע, בכל פעם שהשרביט(שינוע אוטומטית) עובר על החץ אתם תצטרכו להקליד אותו במהירות על המקלדת, במידה ואתם מפספסים חץ אחד הקסם לא יצליח ויהיו לכם עוד שתי ניסיונות להצליח, לאחר שהצלחתם ללמוד את הקסם אתם תקבלו נקודות לבית גריפינדור בשביל תחרות הבתים ותלכו אל "אתגר הקסם". כמובן, גם "אתגר הקסם" עבר שיפוץ ונראה אפילו שהוא שופר בהכי הרבה אופנים משאר החלקים במשחק.