אתם חוזרים אחורה בזמן, 21 שנה אחורה, כל הדרך עד לשנת 1982 הרחוקה.
מה שאתם רואים לפניכם זהו בית קולנוע, כן, בעיצוב של פעם... אתם וחברים שלכם קבעתם ללכת לסרט המדע הבדיוני המקורי החדש, אשר מבוסס על פי ספרו של ברייאן דאלי, Tron.
נכנסתם לאולם, אתם רואים בהתלהבות גלויה את הסרט המוצלח, מגלים את הרפתקאותיו של פלין, טכנאי מחשבים בחברת אנקום, אשר פיתח משחקים מצליחים מאין כמוהם עד שדילינג'ר, טכנאי תאב שליטה שעובד בחברה, גנב את המשחקים מפלין ומסר אותם למנהלי אנקום, ולאחר עלייה רבה של דרגות הוא הגיע לדרגת מנכ"ל בחברת אנקום.
פלין רוצה לנקום בדילינג'ר, ולכן הוא קורא לעזרת האקסית שלו, לורה ביינס, אשר באה עם החבר הנוכחי שלה, אלן בראדלי. ביחד הם פורצים לחברה שבה הם עובדים, אנקום, ומנסים למצוא הוכחות לכך שדילינג'ר גנב את המשחקים של פלין. אך לרוע המזל, תוכנית האב לשליטה, או בקיצור תא"ש, מגלה את פלין ובעזרת ציוד טכנולוגי מתקדם אשר פותח באנקום, היא שולחת אותו לעולם הטכנולוגיה והמחשוב.
לא, לא למפעל אינטל בקרית גת, אלא לתוך המחשב. כן, למקום שבו התוכנות הם אנשים ואנטי וירוסים אמורים לשמור על החוק מפני וירוסים זוממי רע, אם האנטי וירוסים לא היו נשלטים על ידי התא"ש כדי למרר את חייהן של התוכנות המסכנות במטרה להשתלט על העולם.
יחד עם חברו טרון, שהוא בעצם תוכנית שאלן בראדלי תיכנת, פלין יוצא למאבק דיגיטלי בעל אפקטים מרהיבים ומציל את האנושות מתוכנית האב לשליטה, תא"ש, וחוזר לעולם האמיתי.
"הממ.. סרט טוב." אתם חושבים לעצמכם כשאתם יוצאים מבית הקולנוע. ובדיוק כשאתם עומדים לומר זאת לחברכם אתם חוזרים חזרה לעתיד!

כן, אתם עכשיו בשנת 2003, השנה שבה המשחק Tron 2.0 מתרחש.
בשנה זו אלן בראדלי הצליח סוף סוף למצוא את הטכנולוגיה שקידדה את הבן אדם לתוך המחשב. הסוד נמצא בתוכנית Ma3a, אינטיליגנציה מלאכותית מתוחכמת אשר יכולה להחזיק בתוכה את המידע המדויק של מבנה הגנים בבן אדם, ובנוסף לכך גם את האלגוריתמים הדרושים בשביל להחזיר את צורת החיים לעולם האמיתי.
לרוע המזל, החברה של אלן על סף השתלטות עוינת.
fCon, או בשמה הארוך יותר - Future Control Industries, גילתה את התוכנית של אלן ועכשיו היא מעונינת ב- Ma3a לתוכניותיה הנבזיות. בעזרת האקרים מאומנים היטב fCon מתכננת להסתנן לעולם המחשבים מבפנים.

כשאלן בראדלי נעלם עקב סיבה מסתורית, בנו ג'ט, מתכנת מחשבים צעיר ומוכשר (התפוח לא נופל רחוק מהעץ), נכנס לתוך העולם הממוחשב כדי למצוא תשובה להיעלמותו של אביו. הוא מגלה מזימה מרושעת שתהרוס רמת מציאות אחת ותשנה לחלוטין את רמת המציאות השנייה.

למרות שג'ט ברדאלי רוצה למצוא את אביו, הישרדות בחיים היא מן הסתם, עדיין משהו חשוב שאלן רוצה; ככלות הכל, ג'ט לא יוכל להסתובב בחופשיות בעולם הממוחשב, בסופו של דבר תוכניות שונות ומסוכנות יפתיעו אותו וג'ט יאלץ ללכלך את הידיים ולהלחם בהם. לכן ג'ט מוכרח למצוא בעצמו את הכח להתמודד עם יריבים שלא מהעולם הזה בתוך העולם המוזר, אך יוצא מהכלל, של טרון.